Fəxrəddin Nağıyev 1953-cü il may ayının 1-də Naxçıvan MR Şərur rayonunun Düdəngə kəndində doğulmuşdur. Azərbaycan Pedaqoji Rus dili və ədəbiyyatı İnstitutunu, Bakı Sosial-politologiya İnstitutunu bitirmişdir. 1991-1994-cü illərdə Rusiya Federasiyasının Prezidenti yanında Dövlət Qulluğu Akademiyasının aspiranturasında əyani təhsil almışdır. Əmək fəaliyyətinə 1974-cü ildə orta məktəbdə müəllim kimi başlamışdır. Pedaqoji sahədə xidmətlərinə görə Baş müəllim, metodist müəllim adlarına layiq görülmüşdür. Şərur Rayon Partiya Komitəsində təlimatçı, katib vəzifələrində çalışmışdır. Müstəqillik illərində Şərur rayon və şəhər XDM-nin deputatı olmuşdur. Naxçıvan Muxtar Respublikası Ali Məclisinin deputatı, Ali Məclisin Dövlət quruculuğu və hüquq siyasəti Daimi komissiyasının sədri kimi bir sıra mühüm əhəmiyyətli qanunvericilik aktlarının, o cümlədən Naxçıvan Muxtar Respublikası Konstitusiyasının layihəsinin işlənib hazırlanmasında iştirak etmişdir. Muxtar Respublikanın Yeni konstitusiya layihəsini hazırlayan Komissiyanın üzvü olmuşdur. Şərur rayon İcra hakimiyyəti başçısının aparatında Hüquq şöbəsinin müdiri, hümanitar məsələlər üzrə başçının müavini olmuşdur. 1997-ci ildə Naxçıvan Dövlət Universitetində Hüquq fənləri kafedrasını yaratmış və həmin kafedranın müdiri olmuşdur. 2006-cı ilin sentyabr ayına qədər Azərbaycan Respublikası Ekologiya və Təbii Sərvətlər Nazirliyi Bakı Şəhər Departamenti rəisinin müavini vəzifəsində çalışmışdır. 2007-ci ildən bu günə qədər Azərbaycan Respublikasının Prezidenti yanında Dövlət İdarəçilik Akademiyasında Hüquq kafedrasının müdiridir. 70-ə yaxın elmi əsərin, o cümlədən ali məktəblərin hüquqşünaslıq ixtisası üçün bir neçə dərslik, dərs vəsaiti və tədris-metodiki vəsaitlərin müəllifi, bir neçə beynəlxalq konfransların iştirakçısıdır. Elmi əsərləri xarici ölkələrdə nəşr olunmuşdur. 2009-2015-ci illərdə Milli Aviasiya Akademiyası yanında Hüquq elmləri üzrə Dissertasiya şurasının üzvü və elmi katibi olmuşdur.