Mustafa İsen 1953-cü ildə Adabazarında doğuldu. 1975-ci ildə Atatürk Universiteti Ədəbiyyat fakültəsinin dil və ədəbiyyat bölümünü bitirdi. Bundan sonra İstanbulda müəllimlik etdi, Atatürk Universitetində assistent kimi çalışdı. 1981-ci ildə Belqrad Universiteti Filologiya fakültəsində müəllim olaraq işləməyə göndərildi. 1983-cü ilə qədər orada işlədi. Vətənə qayıtdıqdan sonra Atatürk Universiteti fənn- Ədəbiyyat fakültəsi Türk dili və Ədəbiyyatı bölümündə müəllimlik etdi. 1988-ci ildə dosent oldu və Qazi Universitetində dekan müavini və Qazi Universiteti Türkcə Öyrətim Uyğulama və Araşdırma Mərkəzinin (Q.U.TÖMER) Başqanı oldu. 1994-cü ildə professor dərəcəsini aldı. Əhməd Yəsəvi adına Beynəlxalq Türk-Qazax Universiteti Sosial Elmlər İnstitutunda müdir, Qazi Universiteti Fənn-Ədəbiyyat fakültəsi Türk dili və Ədəbiyyatı Bölüm başqanı oldu. Bundan sonra Qazi Universiteti Fənn Ədəbiyyat fakültəsinin dekanı oldu. (1997) 2000-ci ildə Başkənd Universitetinə keçdi və orda Türk dili və Ədəbiyyatı bölümünü qurdu. 2002-ci ilin dekabr ayında Kültür Bakanlığına Müstəşar təyin edildi. Kültür və Turizm Bakanlıqlarının birləşdirilməsi nəticəsində 2003-cü ildə Kültür və Turizm Bakanlığı Müstəşarı oldu. 2007-ci ilin sentyabr ayında T.C.Cumhurbaşqanlığı Baş katibi oldu.